В последний период своей жизни Золя тяготел к социалистическому мировоззрению, не выходя за рамки радикализма. Как высшая точка политической биографии Золя должно быть отмечено его участие в деле Дрейфуса, которое обнажило противоречия Франции 1890-х годов, — знаменитая статья «J’accuse» («Я обвиняю»), за которую писатель заплатил изгнанием в Англию (1898).
В 1901 и 1902 годах член Французской Академии Марселен Бертло выдвигал Эмиля Золя на соискание Нобелевской премии по литературе.
Наступил 1902 год. Однажды вечером, 29 сентября было холодно и сыро. Писатель попросил слугу разжечь камин. Поужинав, Александрина с мужем уснули. Посреди ночи мадам Золя проснулась от того, что почувствовала себя очень плохо. Эмиль не спал — ему также нездоровилось. «Давай позовем слуг?» — предложила Александрина, но Эмиль, человек тактичный и деликатный, пожалел их и не стал будить среди ночи. Утром слуги забеспокоились, почему хозяева, встававшие рано, до сих пор не звонят. Войдя в комнату, обнаружили труп хозяина и хозяйку в глубоком обмороке. Усилиями врачей Александрину удалось спасти.
По заключению медиков, Эмиль Золя с супругой отравились угарным газом, который поступал в комнату из горящего камина. Расследование длилось долго: обнаружилось, что дымоход был заткнут строительным мусором, на крыше виднелись следы. Но кому они принадлежали — рабочим, накануне чинившим крышу, или злоумышленникам — так и осталось неизвестным. До сих пор непонятно, было ли это несчастным случаем или убийством. Его враги были обвинены в его смерти из-за предыдущих покушений на его жизнь, но в то время ничего не могло быть доказано.
Выражения сочувствия прибыли отовсюду во Франции; в течение недели вестибюль его дома был заполнен известными писателями, учеными, художниками и политиками, которые пришли, чтобы вписать свои имена в реестры. Первоначально Золя был похоронен в Cimetière de Montmartre в Париже, но 4 июня 1908 года, всего через пять лет и девять месяцев после его смерти, его останки были перевезены в Пантеон, где он делит склеп с Виктором Гюго и Александром Дюма.
Нет комментариев