В самом начале 1946 года Сталин дал санкцию на арест главкома ВВС Александра Новикова, наркома авиационной промышленности Алексея Шахурина, главного инженера ВВС Александра Репина, члена военного совета ВВС Николая Шиманова, начальника главного управления заказов ВВС Николая Селезнёва и начальников отделов управления кадров ЦК ВКП (б) Александра Будникова и Гамлета Григорьяна. Они обвинялись в том, что в годы войны способствовали выпуску бракованных самолётов, «протаскиванию» их на вооружение РККА, а также принимали некачественную технику.

Результатом такой политики, по данным следствия, было увеличение числа аварий и катастроф, постоянная неисправность техники и необходимость её ремонтировать.

Дело рассматривала Военная коллегия Верховного Суда СССР. В постановлении, помимо прочих фактов «преступных деяний», указывалось, что на вооружение таким образом были приняты недоработанные самолёты Як-9у, Як-3, Ту-2, Ер-2, Ла-5, Ла-7, Ил-2, Ил-10, то есть в общей сложности порядка 10 моделей.

В итоге все подсудимые были признаны виновными и получили разные сроки. Максимальный — семь лет — дали наркому Шахурину, минимальные — по два года — Будникову и Григорьяну. Все были лишены правительственных наград, ввиду большого государственного ущерба их имущество было арестовано.

Геннадий Костырченко, занимающийся историей советской авиации, отмечает, что к началу 1940-х серьёзной проблемой являлось неосвоение или медленное освоение передовой техники. Лётчики сидели за штурвалами самолётов, сконструированных в середине 1930-х, которые заметно уступали немецким и по скорости, и по вооружению. К началу войны с Финляндией стало очевидно, что советской армии нужны пикирующие бомбардировщики и штурмовики, которых просто не было.

Тогда виноватым сделали Михаила Кагановича (старшего брата Лазаря Кагановича), который в 1939 году возглавил только что созданный Наркомат авиационной промышленности СССР. Уже через год он был отстранён от должности, а в июле 1941-го покончил с собой.

После этого наркомом стал Алексей Шахурин. Он оказался в сложной ситуации: в это время авиапрому передавалось много предприятий, которые не были ориентированы на выпуск авиатехники. Объёмы производства действительно росли. Проблема была в том, что выпускали устаревшие машины.

В своих воспоминаниях «Крылья победы» Шахурин так описывал сложившуюся в отрасли ситуацию: «Области и города передали нам согласно решению партии и правительства многие действующие заводы, причём заводы крупные, хорошие, на которых можно было быстро развернуть авиационное производство. Но были заводы и мелкие, которые далеко стояли от авиационной техники. Случалось, отдавали просто помещения: в одном из городов — здание балетной школы, в другом — фабрику музыкальных инструментов, в третьем — предприятие по изготовлению пишущих машинок, в четвёртом — гараж и т. д. и т. п. А один из руководителей Большого театра, с которым мне как-то довелось встретиться, в шутку заметил: «Послушайте, вы всё берёте, не заберёте ли вы себе и Большой театр тоже?»».

В конце 1939 года контакты советских авиастроителей с американскими коллегами, которые только-только начали налаживаться, прекратились: администрация США запретила сотрудничать с СССР, начавшим войну с Финляндией. В ответ Советский Союз активизировал контакты с Германией.

Немцы показали советским коллегам и самолёты, и предприятия. Более того, даже продали более 30 современных машин. Преимущество немецкого авиапрома было так велико и очевидно, что скрывать было, в общем-то, нечего. В Германии могли собирать до 80 самолётов в сутки против менее 30 в СССР. И хотя цифры эти были не точные, Сталин распорядился удвоить темпы выпуска самолётов… старой конструкции. Задание было выполнено, но повышению боеспособности советских ВВС это не способствовало.

Воздушная битва за Британию, продолжавшаяся несколько месяцев, показала, что роль авиации в войне будет очень велика. Стало очевидно, что надо не просто наращивать темпы, но срочно модернизировать советский военный авиапарк. Опять же по распоряжению Сталина начался срочный перевод предприятий на выпуск новых моделей истребителей и бомбардировщиков. Если за весь 1940 год армия получила всего 85 современных самолётов, то с января по июнь 1941-го поставки составили 2653 единицы.

Но при этом и выпуск старых моделей продолжался. Можно сказать, что индустрия взяла такой разгон, что сразу остановить и модернизировать все заводы было невозможно. В итоге, несмотря на попытки освоить массовое производство новых бомбардировщиков и истребителей, к началу войны более 80% самолётов советских ВВС были или морально устаревшими, или просто изношенными. На западных границах, куда пришёлся первый удар немцев, успели получить чуть больше полутора тысяч новых самолётов. У Германии было в три раза больше.

С началом войны авиационные предприятия были переведены на особый режим, работники показывали нереальные темпы, уже в сентябре на фронт поставлялось порядка 100 самолётов в сутки. Но возникла другая проблема — эвакуация на восток. Огромное количество заводов, так или иначе задействованных в авиапроизводстве, находилось в Москве и Московской области, и все они перемещались вглубь страны: к декабрю 1941 года с места снялись уже около 100 предприятий. Казалось, отрасль лихорадит — в декабре 1941-го последовало распоряжение о том, чтобы эвакуация была прекращена, часть заводов при этом законсервировали.

Сталин контролировал вопросы работы авиапрома лично. И, несмотря на все усилия, был недоволен. В декабре 1941 года появилось постановление Государственного комитета обороны: «Ввиду того, что нарком авиационной промышленности стал работать из рук вон плохо, провалил все планы производства и выдачи самолётов и моторов и таким образом подвёл страну и Красную Армию, Государственный комитет обороны постановляет:

1) Поставить Наркомат авиационной промышленности под контроль тт. Берия и Маленкова, обязать этих товарищей принять все необходимые срочные меры для развёртывания производства самолётов…

2) Обязать наркома авиационной промышленности и его заместителей беспрекословно выполнять все указания тт. Берия и Маленкова…»

Работали «на колёсах» и «с колёс». В воспоминаниях Шахурина неоднократно упоминается, как теряли в пути важные грузы. Не по злому умыслу — в условиях войны отследить все перемещения было просто невозможно. Так, он вспоминает, как эшелон с остро необходимыми поковками нашли в Актюбинске, где нет ни одного авиазавода. А собранные и отгруженные куда-то авиационные пушки искали сразу двумя наркоматами. Нашли за несколько дней.

При этом Сталин продолжал держать ситуацию под контролем и не упускал случая напомнить об этом, причём самым неожиданным образом:

«В августе 1942 года, в Москву прилетел У. Черчилль. <…> Запомнился приём, который проходил в Кремле в честь Черчилля. С советской стороны было человек десять и шесть-семь человек с английской, включая посла и его помощников. Представляя нас, нескольких наркомов, которые были на приёме, Сталин пошутил не очень, на мой взгляд, удачно. Подведя Черчилля ко мне, он сказал: «Вот наш нарком авиационной промышленности, он отвечает за обеспечение фронта боевыми самолётами, и, если он этого не сделает, мы его повесим». И он сделал выразительный взмах рукой». (Из книги А. Шахурина «Крылья победы»

Все предпринятые действия дали свои результаты, и уже в 1943 году выпуск самолётов вырос по сравнению с серединой 1942-го на 30%. За последние три военных года прирост производительности составил более 70%. Но освоение новых моделей всё ещё носило «пожарный» характер, что действительно приводило и к браку, и к техническим недоработкам. Так, были случаи, когда с самолётов Як-1 и Як-7 во время полёта срывало внешнюю фанерную обшивку. На самолёте Як-7 был установлен дополнительный бензобак, и это приводило к тому, что машина легко загоралась. За технические недоработки самолёта Як-9 командующий ВВС Новиков в конце войны получил выговор. Но, учитывая условия, в которых работала авиационная промышленность, назвать это намеренным вредительством вряд ли можно.

Кто именно инициировал дело авиаторов, выяснить сегодня сложно. Кто-то полагает, что толчком к началу репрессий в отрасли был разговор Сталина с сыном Василием о технических проблемах с самолётами. По другой версии, инициатором этого дела был авиаконструктор Александр Яковлев, который в годы войны являлся заместителем наркома авиационной промышленности по новой технике. У него с Шахуриным были, в частности, разногласия по реактивным самолётам, и Яковлев полагал, что нарком и главком ВВС Новиков тормозят развитие отечественной промышленности. По третьей версии, толчком к началу дела авиаторов был доклад наркома безопасности Виктора Абакумова, в котором имелись такие цифры: с ноября 1942-го по февраль 1946-го произошло более 45 тыс. невылетов самолётов на задание, 756 аварий и 305 катастроф по причине неполадок.

Фальсификацией дела руководил непосредственно министр государственной безопасности СССР В. С. Абакумов, основными исполнителями были сотрудники МГБ СССР Броверман Я. М., Лихачёв М. Т., Леонов А. Г., Комаров В. И., следователи Кулешов и Герасимов.

Применяя незаконные методы «давления», следователи завершили дело менее чем за месяц:

Из показаний Репина А. К.: «С первого дня ареста мне систематически не давали спать. Днём и ночью я находился на допросах и возвращался в камеру в 6 часов утра, когда в камерах был подъём. <…> После 2-3 дней такого режима я засыпал стоя и сидя, но меня тотчас же будили. Лишённый сна, я через несколько дней был доведён до такого состояния, что был готов на какие угодно показания, лишь бы кончились мучения»

На суде Шахурин заявил: «Показания в ходе предварительного следствия я полностью подтверждаю. Я совершил приписываемые мне преступления в погоне за выполнением плана и графика, в погоне за количественными данными». В том же духе высказывались и другие обвиняемые.

18 апреля 1950 года Худяков был осужден к высшей мере наказания — расстрелу с конфискацией имущества, и в тот же день расстрелян.

В 1953 году все обвинения в их адрес были сняты, а приговоры отменены за отсутствием состава преступления.

В том же году за выявленные многочисленные фальсификации уголовных дел и иные нарушения законности были осуждены Абакумов, Лихачёв, Леонов и Комаров. И приговорены к высшей мере наказания (расстрел)