Матвей Яковлевич Мудров родился в семье бедного священника Вологодского девичьего монастыря Якова Ивановича Мудрова 23 марта (3 апреля) 1776 года.
В семье Мудровых уважали медицинское дело, отец читал медицинские труды на латыни, общался с местными врачами и посильно помогал бедным больным, что не могло не повлиять на интерес сына к профессии врача. Мудровы жили небогато, не хватало денег на книги, бумагу и свечи для учебных занятий.
Матвей учился в Вологодской духовной семинарии, но не окончил ее, а перешел в Главное народное училище, чтобы иметь возможность служить по гражданской части. На учебу он вынужден был сам зарабатывать себе деньги переплетным делом и репетиторством,
обучал русскому и латыни детей местного штаб-лекаря, который дал юноше рекомендательное письмо для поступления в старший класс гимназии при Московском университете.

Отец сыграл определяющую роль в жизни Мудрова. "Ступай, учись, служи, сохраняй во всем порядок, ...помни бедность и бедных, так не позабудешь нас, отца с матерью, и утешишь как в сей, так и в будущей жизни", - напутствовал Яков Иванович сына, отправляя его в Москву
Глубокое уважение и любовь к отцу Мудров пронес через всю жизнь.

В 1794 г. юноша поступил в старший класс гимназии при Московском университете и в 1796 г. был зачислен в университет казеннокоштным студентом для изучения «врачебных наук». В 1800 г. М. Я. Мудров окончил университет со степенью кандидата и двумя золотыми медалями, что свидетельствовало о большом усердии при обучении. Звание кандидата давало возможность после совершенствования в науках заняться преподавательской деятельностью в университете.

Во время студенчества решилось семейное будущее Мудрова, причем необычным образом: дочь профессора истории Московского университета Х.А. Чеботарева Софья заболела оспой, и девочке требовался уход. На роль медицинского брата, говоря современным языком, выбрали Матвея. Он выходил девочку и впоследствии женился на ней.

После окончания университета Мудров служил некоторое время в качестве ординатора в Морском госпитале, где впервые получил практику как врач.
В 1802 г. М. Я. Мудров был отправлен на казенный счет за границу для знакомства с передовой врачебной наукой. В последующем это будет обычная практика для человека, готовящегося к профессорскому званию. В тот период ученых, как правило, приглашали из-за границы, поэтому сам факт командировки Мудрова в Европу говорил о многом: и о его способностях, и о его целеустремленности.

За границей Мудров провел шесть лет: слушал лекции профессора Гуфеланда в Берлинском университете, в Гамбурге – лекции профессора Решлауба, в Геттингене – Рихтера, в Вене изучал глазные болезни под руководством профессора Бера. В Париже Мудров прожил четыре года, слушая лекции профессоров Порталя, Пинеля, Бойе и др. Проживал он в доме князей Голицыных, обучая их детей русскому языку, и вращался в лучшем парижском обществе. Он очень сдружился с этой семьей и позднее каждое лето проводил в подмосковном имении Голицыных – Вяземах. Будучи за границей, Мудров подготовил научную работу «De spontanea plaucentae solutione» («О самопроизвольном отхождении плаценты») и переслал ее в Россию, за что медицинский факультет Московского университета присвоил ему ученую степень доктора медицины (1804) и звание экстраординарного профессора.

Возвращаясь в Москву в 1807 г., Мудров по распоряжению правительства был задержан в Вильно, где размещался главный военный госпиталь действующей армии, и занимался лечением свирепствовавшей там дизентерии. Новым для того времени было применение им метода вскрытий для уточнения диагноза. Получив большую практику в Вильно, он написал и издал первое в России наставление по военно-полевой хирургии «Принципы военной патологии, касающиеся излечения огнестрельных ранений и ампутации конечностей на поле сражения, или о последствиях лечения, развертываемого у постели раненых».

В 1808 г. он вернулся в Россию и приступил к чтению лекций в университете. Первым был курс гигиены и о болезнях, характерных для действующей армии. Обобщением его стало «Слово о пользе и предметах военной гигиены, или науки сохранять здоровье военнослужащих», с которым он выступил на торжественном собрании университета 5 июля 1809 г. Тогда же эта работа была издана.

После увольнения со службы профессора Ф. Г. Политковского, учителя Мудрова, молодой ученый был утвержден 15 апреля 1809 г. в звании ординарного профессора и директора Клинического института. В течение своей профессиональной деятельности Мудров настаивал на немедленном введении практических занятий как одного из важнейших факторов повышения качества подготовки врачей. Свои лекции он излагал ясно и просто, увлекая студентов не только их глубоким содержанием, но и красотой речи, пользуясь художественными сравнениями и афоризмами.

Во время Отечественной войны 1812 года, будучи деканом, Мудров участвовал в эвакуации медицинского факультета в Нижний Новгород. По возвращении оказалось, что университет разрушен, Мудров участвовал в восстановлении медицинского факультета личными средствами. В конце 1813 г. подготовка врачей возобновилась.

В день обновления медицинского факультета, 13 октября 1813 года, Мудров произнёс «Слово о благочестии и нравственных качествах гиппократова врача», в котором впервые в истории России на русском языке было оглашено учение Гиппократа (он первым перевёл «Гиппократа сборник» (лат. «Corpus Hippocraticum») на русский язык). Одновременно в 1813—1817 годах был ординарным профессором патологии, терапии и клиники в московском отделении Медико-хирургической академии, где открыл Клинический институт. Неоднократно его избирали деканом медицинского факультета (1812—1815, 1819—1820, 1825—1827 и 1828—1830 годах).

Главная заслуга Мудрова как реформатора медицинского образования заключалась в том, что он разработал систему клинического преподавания. На Никитской улице были выстроены клинические институты, которые стали базой для студентов-медиков. Эффективность его системы клинического преподавания строилась на трех составляющих: в клиниках студенты "смотрели" только те болезни, которые уже были отработаны на лекциях; осваивали современные методы диагностики (опрос, осмотр, динамическое наблюдение за больным и ведение истории болезни); студенты сопровождали профессоров во время утреннего и вечернего обходов и дежурили у постелей больных.

Мудров любил книги, составил хорошую библиотеку. Его книжное собрание всегда было открыто для студентов, а после пожара 1812 г., уничтожившего университетское книгохранилище, стало студенческой библиотекой: Мудров специально комплектовал свой фонд через московских книгопродавцев по требованиям читателей-студентов. Сам профессор читал преимущественно по дороге - в карете. При жизни ученого вышло пятнадцать его публикаций.

У Мудрова была обширная частная практика. Он славился как отличный диагност. Этой деталью не преминул воспользоваться Л.Н. Толстой, описывая болезнь Наташи Ростовой: "Как бы переносил граф болезнь любимой дочери,... ежели бы он не имел возможностей рассказывать подробности о том, как Метевье и Феллер не поняли, а Фриз понял, и Мудров еще лучше определил болезнь"

Известно, что Мудров лечил семью Пушкиных. По преданию ему был подарен детский портрет А.С. Пушкина, который сегодня хранится в Государственном музее Пушкина. По мнению специалистов, это единственный сохранившийся до нашего времени портрет Пушкина-ребенка.

Среди пациентов Мудрова были не только представители знати, но и бедные люди, которые не могли оплатить лечение. Им он часто оставлял деньги на лекарства. Мудров считал профессию врача в большей мере служением ближнему, чем способом заработка. В этом отношении Мудров был близок по духу к своему известному современнику, врачу Ф.П. Гаазу, заботившемуся о нищих и арестантах. Аптекари возмущались, что Мудров лечит простыми лекарствами, из-за чего им придется разориться. Однако пациентам врачевание Мудрова шло на пользу.

Знаменитый медик был известен своей любовью ко всему живому, подчас похожей на чудачество. Никто не смел при нем ударить собаку, даже случайно забежавших во двор собак он приказывал кормить. Он запрещал ставить в доме мышеловки, ибо «и мыши – творения Божьи». В его доме постоянно жили бедные родственники и воспитанники. Известен был Мудров и своей набожностью. Бывший студент Ф. Л. Ляликов приводит такой факт: «Я сделался нездоров, впрочем, легкою простудою, но К. М. Романовский (субинспектор) все-таки советовал мне сходить к Мудрову. Прихожу. Жил он в своем доме за Пречистенским бульваром, около Старо-Иерусалимского подворья... прописал питье. Но что меня особенно поразило, это – в приемной (где я несколько минут, пока он вышел, дожидался) на стене вывешенная таблица за стеклом в рамке, с оглавлением, каким святым и от какой болезни должно служить молебен (это было напечатано или написано киноварью), и затем длинный ряд болезней на одной половине листа и исчисление святых на другой».

В 1830 г. М. Я. Мудров был назначен старшим врачом Центральной комиссии по борьбе с начавшейся эпидемией холеры, выезжал в Поволжье, где свирепствовала болезнь. Опыт предохранения от этого страшного заболевания он совместно с П. Н. Страховым изложил в специальной брошюре «Наставление простому народу, как предохранить себя от холеры и лечить занемогших сей болезнью на местах, где нет ни лекарей, ни аптек». Наставление было позже внесено в т. 13 «Свода законов Российской империи». В 1831 г. холера вспыхнула уже в Петербурге, и Мудрова вызвали в столицу. Здесь он заразился и 20 (8) июля 1831 г. умер.

Великому клиницисту русская наука обязана рядом достижений, которыми мы пользуемся и в настоящее время. Матвей Яковлевич ввел в клинику опрос больного как важнейшее средство распознавания заболевания. Впервые в России он установил систему ведения истории болезни, а также разработал схему исследования больных. Мудров рекомендовал проводить индивидуализированное лечение и в каждом отдельном случае исходить из особенностей пола, возраста, привычек и быта пациента.
С самых первых дней своей клинической практики Мудров начал скрупулезно записывать в тетрадках и собирать истории болезни пациентов. На каждой странице своей записной книжки он записывал имена больных, которых посещал. Фамилии тяжелобольных с трудным диагнозом он подчеркивал одной, двумя либо тремя черточками, в зависимости от того, как часто должен был их посещать. По истечении года тетрадки переплетались и вместе с записной годовой книжкой, на которой золотом наносился год работы, помещались в специальный шкаф. За 22 года своей врачебной практики он накопил 40 томов, некоторые из них имели толщину энциклопедии. Это собрание историй болезней – его самое величайшее богатство. В них были подробные записи о диагнозе, особенностях течения болезней и тех средствах, которые применялись для лечения, а также об их эффективности. Мудрову это позволяло в любой момент найти историю болезни того или иного больного, к которому его пригласили, и воскресить в памяти способ лечения. Нередко много лет спустя после первого посещения того или иного больного к Мудрову обращались пациенты с просьбой отыскать в его книгах рецепт препарата, который им помог.
Ни один врач Москвы, даже самый знаменитый, не располагал таким собранием практических наблюдений. Мудров дорожил им и берег это бесценное сокровище. Богатейшие материалы Мудрова, к сожалению, были утеряны. Его ученик Петр Страхов, которому он поручил после своей смерти издать их, по неизвестным причинам не выполнил просьбу учителя.